經公安機關廣泛走訪、全面深入調查，吳啊萍供奉侵華日軍戰犯牌位屬個人行為，未發現其受人指使或與他人共謀的情況。據吳啊萍供述，她到南京后了解到侵華日軍戰犯的暴行，知道了松井石根等5名戰犯的罪行，遂產生心理陰影，長期被噩夢纏繞；在接觸佛教后，產生了通過供奉5名侵華日軍戰犯“解冤釋結”、“脫離苦難”的錯誤想法；同時了解到美國傳教士魏特琳女士在侵華日軍南京大屠殺期間保護女性的善舉，因受戰爭刺激，回國后在家中自殺，想通過供奉幫其解脫。

經調查，2017年3月以來，吳啊萍曾因失眠、焦慮等癥狀，先后3次到醫院就診，并服用鎮靜催眠藥物。吳啊萍出于自己對因果釋結的錯誤認知和自私自利的動機，在明知5名被供奉者為侵華日軍戰犯的情況下，仍出資在宗教活動場所為其設置牌位，嚴重違背了佛教揚善懲惡的教義教規，嚴重破壞公共秩序，嚴重傷害民族感情，造成惡劣社會影響，涉嫌犯尋釁滋事罪，已被公安機關刑事拘留，案件正在進一步審理中。

此次事件發生后，南京市宗教事務管理部門對玄奘寺進行了調查處理。玄奘寺對被供奉者身份沒有進行核查，發現供奉侵華日軍戰犯牌位后，雖已撤下但一直隱瞞不報。根據《宗教事務條例》相關規定，南京市玄武區民宗局已責令玄奘寺進行整頓，并已撤換傳真玄奘寺主要負責人職務；市佛教協會同時免除傳真副會長職務。對反映的玄奘寺及相關人員其他問題線索，有關部門將依法依規進一步調查處理。

此次玄奘寺供奉侵華日軍戰犯牌位事件，暴露出南京市在宗教活動場所管理等方面存在的問題，市及玄武區宗教事務管理部門作風不嚴不實，對有關宗教活動場所失管失察。南京市委、玄武區委及紀檢監察機關已依紀依規依法對相關責任人作出嚴肅處理：

對市民宗局黨組書記、局長蘇宇紅予以誡勉，

對市民宗局黨組成員、副局長紀勤予以免職、給予黨內嚴重警告處分，

對市民宗局黨組成員、副局長王鍵給予黨內警告處分，

對市民宗局宗教一處處長張文波給予黨內警告處分，

對市民宗局政策法規處（行政審批服務處）處長后乃娟給予黨內警告處分，

對玄武區民宗局局長胡圓圓予以免職、給予黨內嚴重警告處分，

對玄武區民宗局副局長周勇給予黨內嚴重警告處分，

對玄武區民宗局民宗科科長楊菁給予政務警告處分，

對玄武區玄武門街道統戰委員桂旭光給予黨內警告處分。

南京市委市政府調查組表示，在宗教活動場所發生供奉侵華日軍戰犯牌位事件，嚴重沖擊社會道德底線，嚴重傷害民族感情，令人震驚和憤慨。廣大網民和市民及時發現指出問題，充分體現了強烈的愛國情感，體現了對南京的關心關愛。我們將深刻警醒反思，深刻汲取教訓，舉一反三、全面整改，堅決防止類似問題發生。南京見證了中華民族從沉淪中奮起的苦難與輝煌，對挑釁歷史定論、挑戰民族大義的行為，我們堅決依法嚴懲，以實際行動守護歷史記憶，捍衛民族尊嚴，維護和平正義。